Git est un système de gestion de version distribué pour

• tracker les changement dans les fichiers texte
• gérer l’historique du code source
• partager le code avec des dépots distants

GitHub et GitLab hébèrgent des dépots distants + des services pour gérer des projets (issue tracking, collaboration, hébergement web, CI/CD).

Configurer Git et GitHub pour partager une présentation et son code source.

1. Créer un compte GitHub
   
2. Installer Git sur sa machine
   
3. Configurer Git sur sa machine
4. Connecter sa machine à son compte GitHub
5. Créer un repo Git
6. Mettre à jour son repo Git
7. Diffuser sa présentation au format html via GitHub

https://github.com/signup

Quelques suggestions pour choisir votre username

• Utiliser votre vrai nom
• Réutiliser un username que vous utilisez déjà (par ex. @twitter)
• Le plus court c’est le mieux
• …

https://happygitwithr.com/github-acct.html#username-advice

Ouvrir le terminal dans RStudio

Dans le terminal :

which git
git --version

## /usr/bin/git
## git version 2.20.1

Si ça marche, Git est déjà installer. Sinon…

• Windows
  https://git-scm.com/download/win

• macOS
  http://git-scm.com/download/mac

• Linux / Unix
  $ apt install git

Dans le terminal :

git config --global user.name 'username-de-github'
git config --global user.email 'email-de-github@cnrs.com'
git config --global --list

Il existe 2 méthodes pour faire le lien entre votre machine et GitHub :

• Un système de jetons (token) pour utiliser le HTTPS
  
• Un système de clefs SSH pour se connecter… en SSH

Dans le terminal :

ls -al ~/.ssh/

## total 40
## drwx------  2 tim tim 4096 févr. 20 19:00 .
## drwxr-xr-x 50 tim tim 4096 juin  25 14:14 ..
## -rw-------  1 tim tim 1679 juin  26  2019 id_rsa
## -rw-r--r--  1 tim tim  405 janv. 24  2018 id_rsa.pub
## -rw-------  1 tim tim 9528 mai    7 11:58 known_hosts
## -rw-------  1 tim tim 8640 janv.  6 14:14 known_hosts.old

Si vous voyez une paire de fichier id_rsa / id_rsa.pub, vous avez déjà une paire de clefs SSH. Vous pouvez passer les étapes de génération de clefs.

Dans le terminal :

ssh-keygen -t rsa -b 4096 -C "timothee.giraud@cnrz.com"

Vous pouvez ajouter une passphrase ou non.

2 fichiers sont créés:

• une clef privée (~/.ssh/id_rsa)
  
• une clef publique (~/.ssh/id_rsa.pub)

La clef publique (~/.ssh/id_rsa.pub) devra être indiquée dans les paramètres de votre compte GitHub.

La clef privée devra être connue de votre OS (avec ssh-agent).

Copier ici le contenu du fichier ~/.ssh/id_rsa.pub

Dans le terminal, vérifier que ssh-agent est activé :

eval "$(ssh-agent -s)"

## Agent pid 21011

Ajouter la clef privée (linux/windows) :

ssh-add ~/.ssh/id_rsa

Ajouter la clef privée (Mac OS) :
L’opération est un peu plus compliquée, suivre les instructions suivantes https://happygitwithr.com/ssh-keys.html#mac-os

Dans le terminal

ssh -T git@github.com

Plusieurs workflows sont possibles pour paramétrer un projet Git/GitHub/Rstudio :

• Un nouveau projet, en commençant par GitHub
  
• Un projet existant, en commençant par GitHub
  
• Un projet existant, en finissant par GitHub

Copier l’adresse ssh du dépôt.

Dans le terminal :

git clone git@github.com:rCarto/mon_projet.git

Dans RStudio :

Indiquer le dossier que l’on vient de cloner.

Enregistrer et tricoter la présentation sous le nom index.Rmd.

À faire à chaque fois que l’on a fini une étape significative de travail, surement plusieurs fois par jour.

Commiter c’est enregistrer localement (sur sa machine) ses changements pour Git.

• Cliquer sur l’onglet Git.
• Cocher la boite “Staged” devant tous les fichiers dont on veut enregistrer l’existense ou le changement.
• Cliquer sur “Commit”

Indiquer un message pour le commit, puis cliquer sur “Commit”.

À faire quelques fois par jour, moins souvent que les commits.

Pousser ses modifications (Push) c’est envoyer ses modifications sur le dépôt distant sur GitHub.

Attention, il faut d’abord Tirer (Pull) depuis GitHub. Cela permet de prendre en compte les modifications faites sur le dépôt par une autre machine ou par un collègue. Cela permet de s’assurer que l’on est à jour avec le dépôt distant.

Les GitHub Pages permettent de mettre en ligne des fichiers html/css/javascript.

Dans les settings du dépôt sur GitHub =>

Après quelques instants la présentation sera accessible en ligne à l’adresse indiquée!
Elle sera automatiquement mise à jour à chaque fois que le dépôt est mis à jour (Push).

https://happygitwithr.com/

https://ohshitgit.com/

sigr2021.github.io/git

github.com/sigr2021/git

@rgeomatic